Der Zugverkehr auf der Höllentalbahn ist heute geprägt von der Regionalbahn im Halbstundentakt durch die DB Regio Freiburg. Aufgrund der von DB Netz zurück gebauten Infrastruktur (Littenweiler/Kirchzarten/Hinterzarten) und des engen Taktverkehrs ist auch ein Sonderverkehr über die Steilstrecke nicht ohne weiteres möglich.
Nach dem Entfall des Interregio "Höllental" Ende 2002 ist mit dem Fahrplanwechsel am 14. Dezember 2003 auch das tägliche Zugpaar des Kleber-Express entfallen. Damit gibt es keinen Fernverkehr mehr. Ebenso gibt es keinen Güterverkehr zwischen Freiburg und Titisee. Lediglich vereinzelte Holztransporte wurden von Seebrugg bis 2005 über die hintere Höllentalbahn abgefahren. Aktuell (2006) ist der Abstellbereich in Seebrugg betrieblich gesperrt. So konnte auch von der Nahverkehrsgesellschaft Baden-Württemberg gewünschte Ski-Sonderzüge nicht durchgeführt werden.

Täglich ab Freiburg im Halbstundentakt bis Titisee. Von dort abwechselnd
nach Seebrugg oder Neustadt. Zwischen Neustadt und Titisee wird der
Halbstundentakt durch Triebzüge sichergestellt.
Am Wochenende verkehren nach Seebrugg auch Doppelzüge.
Lokomotive: BR 143
Täglich um 9:40 Uhr startet in Freiburg der Kleber Express. Er fährt er über Neustadt, Donaueschingen, Tuttlingen, Memmingen nach München Hbf. Normalerweise wird er von Freiburg bis Neustadt nachgeschoben (BR143 bzw. am Wochenende BR 110). Vom 13. Mai bis 14. Dez 2002 starten der RE 21208 von München um 9:51 Uhr nach Freiburg, wo er um 16:18 Uhr eintrifft.
Lokomotive: BR 218
Mit dem Sommerfahrplan 1988 wurde erstmals ein Fernexpress Hamburg - Seebrugg - Hamburg (FD 1971 / 1970) eingeführt. Ab Juni 1991 lief er allerdings nur noch bis Freiburg und führte stattdessen Kurswagen nach Seebrugg. Aus diesem Fernexpress wurde mit dem Fahrplan vom 23. Mai 1993 der InterRegio "Höllental" (IR 2216 / 2217)
Der IR 2217 begann Montags bis Freitags um 7:00 Uhr in Norddeich seine Fahrt, während er am Wochenende um 7:35 Uhr in Emden startete. Er fuhr über Münster, Köln, Mainz, Darmstadt, Karlsruhe und erreichte um 15:50 Uhr Freiburg auf Gleis 6. Hier wurden die ersten drei Wagen abgehängt und beiseite gestellt. Nachdem die Lok (BR 101) wieder angekuppelt hatte, fuhr der Zug um 16:10 Uhr anstelle einer RB weiter nach Seebrugg, wo er um 17:15 Uhr eintraf. Hier endete der IR 2217 und die Lok musste umsetzen, um den Zug, jetzt offiziell als RB 18612 wieder zurück nach Freiburg zu ziehen. |
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| Der IR 2217 führte im Übrigen auch drei Kurswagen nach Alpirsbach. Diese wurden in Karlsruhe abgehängt und eine 218 fuhr dann diesen "IR 2917 Murgtal" benannten Zug über Freudenstadt nach Alpirsbach. | Zurück von Seebrugg nach Freiburg als RB18612 am 21.07.2002 |
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Der IR 2216 beginnt um 8:38 Uhr in Seebrugg, nachdem er zuvor als RB 18559 von Freiburg kommend gestartet war. Zurück in Freiburg werden die am Abend zuvor abgekuppelten ersten drei Wagen angehängt und der Zug verlässt dann um 10:04 Freiburg Hbf. Richtung Norden. |
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| IR 2216 am Morgen des 06.09.2002 bei Himmelreich | |
| Im Fahrplan 2003 war dieser
Zug nicht mehr vorgesehen. Nicht zuletzt die aufwendige
Rangierarbeiten dürften dafür ein Grund gewesen sein. Den Wegfall
kann man mit einem lachenden und einem weinenden Auge sehen. Von
außen betrachtet ist es ein Fernzug mit einer interessanten
Lokomotive im Höllental. Fernreisende, insbesondere solche mit
Fahrrädern (IR hat spezielle Fahrradabteile) konnten nonstop tief
in den Schwarzwald fahren. Auch die Freiburger Lokführer, welche auf der
Höllentalbahn Dienst haben, dürften sich über die tägliche
Fahrpraxis auf einer 101 gefreut haben. Auf der anderen Seite muss man sagen, dass ein InterRegio zumindest in der zweiten Klasse kein ausgesprochen bequemer Fernzug ist. Ebenso ungeeignet ist er als Ersatz für die RB ab Freiburg bis Kirchzarten. Da er in Freiburg kurz nach 16 Uhr abfährt, wird er von vielen Pendlern benutzt. Im Gegensatz zu den sonst auf der Strecke üblichen Doppelstockwagen, ist das Sitzplatzangebot viel zu gering, zumal man das Bord Bistro und den 1-Klasse Wagen am Schluss ebenfalls nicht mitrechnen kann. |
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| Lokomotive: | Zuerst BR 111, dann BR 139 (in Doppeltraktion), zuletzt BR 101 | |
| Wagen: | IR 2216 (Seebrugg - Norddeich Mole) | Aim ARkimbz Bim Bim Bim Bimd
Bimd Bim Bim Bim, Wagen 3-6 ab Freiburg |
| IR 2217 (Norddeich - Seebrugg) | Bim Bim Bimd Bimd Bim Bim
Bim ARkimbz Aim Wagen 3-6 bis Freiburg |